In der zweiten Staffel geht es darum, dass die Fringe Devision herausfindet, dass Agenten (so genannte Gestaltwandler) im Auftrag des Verteidigungsministers der Parallelen USA im „echtem“ Universum tätig sind. Diese bringen ihre Opfer um, um so ihre Gestalt anzunehmen. Peter findet heraus, dass er nicht aus diesem Universum stammt. Sondern wurde er in seiner Kindheit von Walter „gerettet“ . Dadurch, dass Walter Peter von Walternativ „gestohlen“ hat möchte er ihn zurückholen und Entführt ihn deswegen. Einige Personen eines Experimentes von Walter helfen Olivia Peter ins echte Universum zurückzuholen.
Dadurch ist Olivia in Gefangenschaft geraten und wurde von der alternativen Olivia ersetzt.
Mehr erzähle ich besser nicht da Ihr sonst zu viel wisst;)